畢業學分別為128學分，包含通識必修課程(28學分)和專業必修課程(65學分)、選修課程(35學分)。可依據自我專長及興趣選修：醫療資訊類、資訊系統類以及管理決策類等三大類課程。學生亦可選修本系與健康科技學院其他系所合開之「醫療資訊學程」、「大數據學程」，並利用寒暑假，赴醫療機構之資訊單位或多元資訊業界實習，增進實務能力。近年在教育部學海築夢計畫補助之下，進行學生海外實習。此外本系因應資訊環境趨勢演變，加強在大數據、醫療影像及資訊安全各方面之課程，以培養學生新領域專長。

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